Référence API
Remarque (Éléments privés)
Ce module contient des classes et fonctions « privées » dont le nom commence par un trait de soulignement. Par défaut, leurs détails ne sont pas inclus dans la documentation.
Package complet
Package de lecture ISD
Ce package analyse le fichier Description.xml du dossier ISD et rend les données binaires de l'image correspondante accessibles sous forme de tableau NumPy 2D avec le type approprié (uint8/16/32).
Ce package inclut
- IsdReader : le point d'entrée principal pour la lecture des jeux de données ISD, c'est-à-dire une classe d'objet qui englobe les données ISD elles-mêmes.
- Des classes de gestion des exceptions pour diverses erreurs.
Exemple d'utilisation :
from isdreader import IsdReader isd = IsdReader(isd_path="/path/to/folder.isd") ch = isd.GetCh(1) dg = ch.GetDataGate(2) img = dg.GetImage("AP") arr = img.load_image() Ici, arr est un tableau NumPy 2D.
BinaryFileNotFound
Bases: Exception
Une exception se produit si le fichier binaire spécifié est introuvable dans le dossier ISD.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
55 56 57 58 59 | |
DescriptionNotFound
Bases: Exception
Une exception se produit si le fichier Description.xml est introuvable dans le dossier ISD.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
41 42 43 44 45 | |
InvalidChannel
Bases: Exception
Une exception se produit lorsque l'index du canal spécifié est invalide.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
13 14 15 16 17 | |
InvalidDataGate
Bases: Exception
Une exception se produit lorsque l'index de la porte de données spécifié est invalide.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
20 21 22 23 24 | |
IsdNotFound
Bases: Exception
Une exception se produit lorsque le dossier ISD spécifié n'existe pas.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
34 35 36 37 38 | |
IsdReader
Classe racine représentant l'intégralité du dossier ISD Cette classe est le point d'entrée principal pour accéder à tous les canaux, DataGate et images du jeu de données d'acquisition ISD. Autrement dit, il s'agit d'une classe d'objet englobant l'ensemble des données ISD. Attributs : chemin : Chemin d'accès au dossier ISD à inclure chemin_description : Chemin d'accès au fichier Description.xml (situé directement à la racine du dossier ISD) enregistreur : Instance de l'enregistreur pour cet objet
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 | |
GetCh(ch=None)
Récupère une instance de ChChunk ou liste tous les canaux. Arguments : ch : None ou un numéro de ChChunk spécifié Retour : Si ch est None, une liste des numéros de canaux disponibles est retournée ; sinon, l’instance de ChChunk spécifiée ou None est retournée.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 | |
GetImage(*, ch, gate, image_type, slice_no=1)
Méthode pour récupérer directement un ImageChunk Arguments : ch : Numéro du canal (1 origine) gate : Numéro du DataGate (1 origine) image_type : Type d’image (abrégé, nom complet) slice_no : Numéro de la tranche (1 origine, par défaut : 1) Retourne : Une instance d’ImageChunk correspondant aux critères spécifiés ; sinon, None
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 | |
__init__(*, isd_path, logger=None)
Initialise un objet IsdReader à partir du dossier ISD spécifié. Arguments : isd_path : Chemin d'accès au dossier ISD (chaîne de caractères ou pathlib.Path). logger : Instance de journalisation facultative. Journalisation par défaut si None. Lève : TypeError : Si isd_path n'est ni une chaîne de caractères ni un chemin. IsdNotFound : Si le dossier ISD est introuvable. DescriptionNotFound : Si le fichier Description.xml est introuvable dans le dossier ISD.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 | |
__repr__()
Cette fonction renvoie un résumé sous forme de chaîne de caractères de l'IsdReader. Renvoie : Une chaîne de caractères contenant la taille et le nombre de canaux disponibles.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 | |
Modules principaux
ChChunk
Classe représentant un canal pouvant contenir plusieurs DataGates. Cette classe correspond au canal ultrasonore physique au sein du système d'acquisition.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 | |
GetDataGate(data_gate=None)
Récupère une instance de DataGateChunk ou liste tous les DataGates. Arguments : data_gate : si None, liste les numéros des DataGates ; sinon, retourne le DataGateChunk correspondant. Retourne : Si data_gate est None, une liste de numéros de DataGate ; sinon, une instance de DataGateChunk ou None.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 | |
__init__(root_elem, ch_elem, isd_root, width, height)
Initialiser l'instance ChChunk. Arguments : root_elem : Élément XML racine de Description.xml ch_elem : Élément XML du canal isd_root : Chemin vers le dossier racine ISD width : Largeur de l'image (en pixels) height : Hauteur de l'image (en pixels)
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 | |
__repr__()
Renvoie un résumé sous forme de chaîne de caractères de ce ChChunk. Renvoie : Une représentation sous forme de chaîne de caractères comprenant le numéro de canal, le nom et le DataGate.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
401 402 403 404 405 406 407 | |
list_datagates()
Affiche la liste de tous les numéros DataGate disponibles. Retourne : Liste des numéros DataGate (1 origine)
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
377 378 379 380 381 382 383 | |
DataGateChunk
Classe représentant un DataGate au sein d'un canal. Notez qu'un DataGate peut contenir plusieurs images de coupe.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 | |
GetImage(image_type, slice_no=1)
Renvoie une instance ImageChunk du type et de la tranche spécifiés. Arguments : image_type : Type d’image (nom abrégé ou complet) slice_no : Numéro de la tranche (origine 1, par défaut : 1) Renvoie : Une instance ImageChunk si elle existe, None sinon
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 | |
GetSlice(slice_no=None)
Afficher toutes les tranches. Arguments : slice_no : Si None, afficher tous les numéros de tranche ; sinon, une exception TypeError est levée. Retour : Si slice_no est None, afficher les numéros de tranche. Lève : TypeError : Si slice_no est spécifié.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 | |
ImageTypes()
Renvoie une chaîne de caractères décrivant les types d'images disponibles. Renvoie : une chaîne de caractères contenant les noms abrégés et complets des types d'images, séparés par des virgules.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
302 303 304 305 306 307 308 | |
__init__(root_elem, ch_elem, dg_elem, isd_root, ch_public, ch_name, width, height, sampling_freq_mhz)
Initialiser une instance DataGateChunk Arguments : root_elem : Élément XML racine de Description.xml ch_elem : Élément XML du canal dg_elem : Élément XML DataGate isd_root : Chemin d'accès au dossier racine ISD ch_public : Numéro du canal public (1 origine) ch_name : Nom du canal width : Largeur de l'image (en pixels) height : Hauteur de l'image (en pixels) sampling_freq_mhz : Fréquence d'échantillonnage (MHz)
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 | |
__repr__()
Cette fonction renvoie un résumé sous forme de chaîne de caractères de ce DataGateChunk. Renvoie : Une représentation sous forme de chaîne de caractères comprenant l’identifiant, le nom et les images disponibles.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
329 330 331 332 333 334 335 336 337 | |
list_images()
Affiche la liste de tous les numéros de tranches disponibles (1 origine). Retourne : Liste des numéros de tranches
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 | |
ImageChunk
Classe contenant les données d'une image (métadonnées incluses) au sein de DataGate. Cette classe stocke toutes les métadonnées et permet d'accéder aux données binaires de l'image.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 | |
img_array
property
Accéder au tableau d'images chargé. Retourne : Tableau NumPy 2D chargé Lève : MiscellaneousError : Si l'image n'a pas encore été chargée.
__init__(root_elem, ch_elem, dg_elem, img_elem, isd_root, ch_public, dg_xml_id, type_abbr, type_elem)
Initialiser cette instance ImageChunk. Arguments : root_elem : Élément XML racine de Description.xml ch_elem : Élément XML du canal dg_elem : Élément XML DataGate img_elem : Élément XML de l’image isd_root : Chemin d’accès au dossier racine ISD ch_public : Numéro du canal public (1 origine) dg_xml_id : Attribut d’identifiant XML DataGate type_abbr : Abréviation du type d’image (« PP », « AP », etc.) type_elem : Élément XML d’un type d’image spécifique
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 | |
__repr__()
Renvoie un résumé sous forme de chaîne de caractères de cet ImageChunk. Renvoie : Une représentation sous forme de chaîne de caractères contenant toutes les propriétés injectées.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 | |
build_metadata_args()
Construit les paramètres à transmettre à binary_loader à partir de la propriété ImageChunk. Retourne : Un tuple (largeur, hauteur, taille_données) pour le chargement binaire.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 | |
load_image(y_flipped=True)
Lit les données binaires d'une image et les renvoie sous forme de tableau NumPy 2D. Arguments : y_flipped : Si la valeur est True, l'image lue est inversée verticalement (par défaut : True). Renvoie : Un tableau NumPy 2D d'images. Lève : MiscellaneousError : Si le nom du fichier image est introuvable. BinaryFileNotFound : Si le fichier binaire n'existe pas.
Source code in .build\fr\isdreader\chunks.py
134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 | |
CH_NUM_TO_LETTER = {1: 'A', 2: 'B', 3: 'C', 4: 'D'}
module-attribute
Correspondance entre les types d'images abrégés et les noms complets
BinaryFileNotFound
Bases: Exception
Une exception se produit si le fichier binaire spécifié est introuvable dans le dossier ISD.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
55 56 57 58 59 | |
DescriptionNotFound
Bases: Exception
Une exception se produit si le fichier Description.xml est introuvable dans le dossier ISD.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
41 42 43 44 45 | |
InsufficientMetaData
Bases: Exception
Une exception se produit lorsqu'il n'y a pas suffisamment de métadonnées pour poursuivre le traitement.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
48 49 50 51 52 | |
InvalidChannel
Bases: Exception
Une exception se produit lorsque l'index du canal spécifié est invalide.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
13 14 15 16 17 | |
InvalidDataGate
Bases: Exception
Une exception se produit lorsque l'index de la porte de données spécifié est invalide.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
20 21 22 23 24 | |
InvalidSliceNo
Bases: Exception
Une exception se produit lorsque le numéro de tranche spécifié est invalide.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
27 28 29 30 31 | |
IsdNotFound
Bases: Exception
Une exception se produit lorsque le dossier ISD spécifié n'existe pas.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
34 35 36 37 38 | |
MiscellaneousError
Bases: Exception
Des exceptions qui surviennent pour d'autres raisons inconnues
Source code in .build\fr\isdreader\isd_helper.py
62 63 64 65 66 | |
IsdReader
Classe racine représentant l'intégralité du dossier ISD Cette classe est le point d'entrée principal pour accéder à tous les canaux, DataGate et images du jeu de données d'acquisition ISD. Autrement dit, il s'agit d'une classe d'objet englobant l'ensemble des données ISD. Attributs : chemin : Chemin d'accès au dossier ISD à inclure chemin_description : Chemin d'accès au fichier Description.xml (situé directement à la racine du dossier ISD) enregistreur : Instance de l'enregistreur pour cet objet
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 | |
GetCh(ch=None)
Récupère une instance de ChChunk ou liste tous les canaux. Arguments : ch : None ou un numéro de ChChunk spécifié Retour : Si ch est None, une liste des numéros de canaux disponibles est retournée ; sinon, l’instance de ChChunk spécifiée ou None est retournée.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 | |
GetImage(*, ch, gate, image_type, slice_no=1)
Méthode pour récupérer directement un ImageChunk Arguments : ch : Numéro du canal (1 origine) gate : Numéro du DataGate (1 origine) image_type : Type d’image (abrégé, nom complet) slice_no : Numéro de la tranche (1 origine, par défaut : 1) Retourne : Une instance d’ImageChunk correspondant aux critères spécifiés ; sinon, None
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 | |
__init__(*, isd_path, logger=None)
Initialise un objet IsdReader à partir du dossier ISD spécifié. Arguments : isd_path : Chemin d'accès au dossier ISD (chaîne de caractères ou pathlib.Path). logger : Instance de journalisation facultative. Journalisation par défaut si None. Lève : TypeError : Si isd_path n'est ni une chaîne de caractères ni un chemin. IsdNotFound : Si le dossier ISD est introuvable. DescriptionNotFound : Si le fichier Description.xml est introuvable dans le dossier ISD.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 | |
__repr__()
Cette fonction renvoie un résumé sous forme de chaîne de caractères de l'IsdReader. Renvoie : Une chaîne de caractères contenant la taille et le nombre de canaux disponibles.
Source code in .build\fr\isdreader\isd_root.py
87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 | |